С 1 января 2019 года утратили силу положения Налогового кодекса РФ об освобождении налогоплательщиков, применяющих ЕСХН, от уплаты налога на добавленную стоимость. Все плательщики ЕСХН становятся плательщиками НДС со всеми вытекающими обязанностями в виде составления и представления в налоговые органы декларации по НДС; выставления счетов-фактур; учета полученных счетов-фактур; ведения книги покупок; ведения книги продаж.